一、管理制度建设
完善的规章制度是实验室正常运行的保障，生态与环境实验教学中心在学校相关制度的基础上，根据本学科的特点，制定了一系列规章制度，如《华东师范大学生态与环境实验教学中心实验室工作规程》、《华东师范大学生态与环境实验教学中心仪器预约使用制度》、《华东师范大学生态与环境实验教学中心仪器设备管理办法》、《华东师范大学生态与环境实验教学中心实验室安全管理办法》、《华东师范大学生态与环境实验教学中心学生实验须知》和《华东师范大学生态与环境实验教学中心学生实验安全承诺书》等，涵盖实验室日常运行、实验室开放管理、实验室安全、实验室设备管理、实验室经费使用等方面，从制度上保障了实验教学工作的正常进行。
二、仪器设备管理
良好的仪器设备是实验室运行的基础，中心通过建立完整的仪器设备管理档案，记录仪器的购置、使用、维护、维修等信息，对仪器实行终身管理，并通过网络数据库，使管理者实时了解仪器设备的使用状况。同时，定期对中心仪器运行状况进行检查，发现故障及时处理，提高设备的完好率，确保实验室仪器设备的良好运行。
对于大型、进口仪器的管理，做到专人保管，并建立了专门的使用档案，认真做好仪器使用及检修情况纪录，定期维护，确保仪器处于良好的运行状态，使设备完好率达到90%以上。大型仪器除了满足本科生教学需要外，还向校内教师和研究生科研项目有偿开放，收入资金归设备处统一管理，回收资金用于仪器的维护，不足部分由设备处管理的专项维修经费解决。
三、考评机制建立
为提高人员的工作效率，中心建立了有效的考评机制，奖优惩劣。采用年度述职与师生评价相结合的方式，了解中心工作人员的工作情况，对教学效果好的教师，给予一定的物质和精神奖励；对工作量不够、工作不到位、教学效果差的教师，提出整改意见，并要求本人有整改措施，以观后效。做到奖惩分明，营造良好、高效的工作氛围。
四、安全环保措施实施
实验室安全是保证实验教学和科研工作正常进行的前提，中心严格遵守学校制定的实验室安全条例、规范，同时结合自身特点，制定一系列保障实验室安全的措施：
（1）中心安全实行主任负责制，负责整个实验教学中心的安全工作。各实验室都设置安全责任人，负责相关实验室的安全，责任到人。
（2）对初次进实验室操作的师生员工和外来人员进行安全教育和培训。
（3）在实验室可能发生危险的区域设置警示标志。
（4）对于实验教学中可能发生的突发事故，有专题预案，确保师生的人身安全。
（5）每个实验室都安装有监控设备，并与学校保卫处主控室连接。
（6）每个实验室都安装有烟雾和煤气报警装置，学校保卫处每年组织一次对烟感、煤气报警装置的维护。
（7）所有实验台都采用防强酸强碱、阻燃的环保材料，实验室室外走廊装有紧急喷淋装置，每个实验室设有洗眼器；
（8）学校保卫处每年组织一次消防安全演习，为中心人员和新入校学生进行消防知识和技能培训，做到人人会使用灭火机、人人熟悉危险情况下的应急、应变措施。
（9）每个实验室设置排气管道，可以将实验室有害气体排放到室外，避免有毒有害气体危害学生和教师的健康。
（10）实验废液和有害废物由中心统一收集，定期由实验室与设备处联系处理
五、运行经费保障
中心经费来源主要依靠学校教务处的实验教学经费拨款、设备处的设备维护经费拨款、学校实验室建设专项经费、学校“985” 、“211”、“双一流”建设经费和学科建设经费，以满足实验教学中心的正常运行。